L’épisode 16 est un flash back reprenant les évènements antérieurs à l’emprisonnement des personnages de la série. On y retrouve Michael et son frère, qui entretiennent des relations assez tendues.
Lincoln doit rembourser une dette de 90 000 dollars, qu’il n’a pas. C’est alors que Crab lui impose de lui rendre un « petit service » pour effacer sa dette : il doit tuer un homme. Mais quand Lincoln arrive dans le parking pour accomplir son méfait, l’homme qu’il doit abattre est déjà mort. Les caméras de surveillance l’ayant filmé, il est arrêté et accusé du meurtre. Michael décide alors de percer le mystère de cette accusation.
De son côté, Franklin (C-Note) s’est engagé dans l’armée américaine au Koweit. Il obtient de son supérieur une place de gardien de prison au pays. Il pourra ainsi voir sa femme et ses enfants tous les jours. Mais C-Note découvre par hasard que des soldats américains torturent des prisonniers de guerre et les dénonce. Il est renvoyé de l’armée.
Parallèlement, on apprend que le Docteur Tancredi se drogue. Mais elle assiste à un accident, et droguée, ne peut aider la victime. Cela lui fait prendre conscience qu’elle doit s’arrêter.
En ce qui concerne Fernando et Marie-Cruz, ils se sont trouvés l’un l’autre et filent le parfait amour. Seule ombre au tableau : n’ayant pas d’argent, Fernando est obligé de braquer un magasin pour pouvoir offrir à Marie-Cruz ce qu’elle souhaite, et notamment sa bague de demande en mariage. Seulement Hector le trahit et appelle la police…
Enfin, alors que T-Bag tente de séduire Susie, celle-ci le reconnaît lors du journal télévisé et apprend qu’il est un assassin et un violeur. Elle le dénonce alors à la police et le chasse de chez elle.
Pendant ce temps, Michael vole les plans de la Fox River à sa compagnie. Il tente de les retenir mais c’est trop dur. L’idée lui vient alors de se les faire tatouer sur le corps. C-Note, qui ne retrouve pas de travail depuis son renvoi de l’armée, accepte un travail douteux, qui consiste à transporter une marchandise inconnue par camion. Mais malheureusement, il est arrêté durant l’un de ses transports.