Michael Scofield, ingénieur en génie civil, décide de faire évader Lincoln Burrows, son frère, de prison. Lincoln est innocent, mais il est accusé d'un crime grave : le meurtre du frère de la Vice-Présidente.
Après de longs mois de préparation, Michael commet un braquage dans une banque, et reconnaît tous les faits à son procès. Il n'a qu'une requête : être incarcéré à Fox River...